刹那と未来が「ラグナロク」を起動し、将来と嵩治が「ジャシン」を打ち倒した数ヵ月後…
「ラグナロク」と対の存在に当たるプログラム「ハルマゲドン」を起動しようとした永久は行方不明となり、
世界には平穏が訪れ、刹那、未来、将来、嵩治の４人はいつも通りの日常を過ごしていたが…
 
ある夜、いつも通り眠りについた刹那の夢に、行方不明となったはずの永久が現れる。
永久は何かを伝える為に刹那の夢へと現れたというのだが、刹那はそれを聞く前に目を覚ましてしまう。
刹那は夢の影響か、学校でも辛そうな表情を浮かべ、それを見た未来、将来、嵩治の３人も刹那を心配するが…
 
果たして、永久が刹那に伝えようとしたことは一体何だったのか…？
その答えを求めるため、刹那、未来、将来、嵩治の４人は、永久を探す旅に出る…